Platinum in the structure of Solution Structures of A Dna Dodecamer Duplex With A Cisplatin 1,2- D(Gg) Intrastrand Cross-Link (pdb 2nq0)

The binding sites of Platinum atom in the structure of Solution Structures of A Dna Dodecamer Duplex With A Cisplatin 1,2- D(Gg) Intrastrand Cross-Link (pdb code 2nq0). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Platinum atom. The 2nq0 structure was solved by Y.WU, D.BHATTACHARYYA, S.CHANEY, S.CAMPBELL, with NMR in Solution technique. Platinum Binding Sites: Platinum binding site 1 out of 1 in 2nq0 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Platinum in the PDB 2nq0. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Platinum atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, A: Dc8, B: Dc19, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, B: Dc19, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, A: Dc8, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, B: Dc19, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, B: Dc19, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, B: Dc19, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, A: Cpt77, A: Da5, A: Dg6, A: Dg7, B: Dc19, A: Cpt77, conact list: Atom Atom Distance (A) Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt H42 A:Dc8 4.86 Pt H41 B:Dc19 4.96 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt H41 B:Dc19 4.96 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt H42 A:Dc8 4.86 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt H41 B:Dc19 4.96 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt H41 B:Dc19 4.96 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt H41 B:Dc19 4.96 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 Pt C8 A:Da5 4.92 Pt C5 A:Da5 4.77 Pt N7 A:Da5 4.58 Pt N9 A:Dg6 3.98 Pt C8 A:Dg6 2.90 Pt C6 A:Dg6 3.44 Pt C5 A:Dg6 2.91 Pt C4 A:Dg6 3.99 Pt H8 A:Dg6 3.18 Pt N1 A:Dg6 4.72 Pt N7 A:Dg6 2.01 Pt H2' A:Dg6 4.90 Pt O6 A:Dg6 3.36 Pt N9 A:Dg7 4.18 Pt C8 A:Dg7 2.98 Pt C6 A:Dg7 3.60 Pt C5 A:Dg7 3.07 Pt C4 A:Dg7 4.23 Pt H8 A:Dg7 3.18 Pt N1 A:Dg7 4.97 Pt N7 A:Dg7 2.01 Pt O6 A:Dg7 3.42 Pt H41 B:Dc19 4.96 Pt N1 A:Cpt77 2.03 Pt N2 A:Cpt77 2.03 Pt H13 A:Cpt77 2.55 Pt PT1 A:Cpt77 0.00 Pt H23 A:Cpt77 2.55 Pt H21 A:Cpt77 2.55 Pt H22 A:Cpt77 2.55 Pt H11 A:Cpt77 2.55 Pt H12 A:Cpt77 2.55 interactive model: